การทำความสะอาดท่อส่งความร้อนของหม้อนึ่งความดันเป็นสิ่งสำคัญมากเพื่อหลีกเลี่ยงการอุดตันของท่อและลดการเติบโตของแบคทีเรียและไวรัส โดยทั่วไปขั้นตอนในการทำความสะอาดท่อทำความร้อนมีดังนี้:
ปิดเครื่องนึ่งฆ่าเชื้อแล้วรอให้เย็นลง
เปิดช่องระบายน้ำของเครื่องฆ่าเชื้อ และระบายน้ำออกจากแท้งค์น้ำ
ถอดท่อทำความร้อนออกแล้วทำความสะอาด ขั้นแรกให้ล้างด้วยน้ำสะอาด จากนั้นจึงทำความสะอาดให้สะอาดด้วยผงซักฟอก สารทำความสะอาดอาจเป็นสารทำความสะอาดพิเศษที่แนะนำโดยผู้ผลิต หรือคุณสามารถใช้สารทำความสะอาด เช่น น้ำปราศจากไอออนและแอลกอฮอล์ก็ได้ หากต้องการสิ่งสกปรกที่ฝังแน่นมากขึ้น สามารถใช้การทำความสะอาดด้วยไอน้ำแรงดันสูงได้
ล้างท่ออีกครั้งด้วยน้ำสะอาดเพื่อให้แน่ใจว่าท่อสะอาด
ตรวจสอบท่อว่ามีรอยแตกหรือความเสียหายหรือไม่ และเปลี่ยนใหม่หากจำเป็น
ติดตั้งท่อที่ทำความสะอาดแล้วและทำการทดสอบการซีล
ต้องให้ความเอาใจใส่เป็นพิเศษเพื่อความปลอดภัยเมื่อทำความสะอาดท่อทำความร้อน เนื่องจากอาจยังมีไอน้ำอุณหภูมิสูงและความดันสูงหลงเหลืออยู่ในเครื่องนึ่งขวดนม และจะต้องรอให้เย็นลงจนสนิทก่อนจึงจะทำความสะอาด ในเวลาเดียวกัน ควรใส่ใจกับการใช้สารทำความสะอาดที่ถูกต้องและวิธีการต่างๆ เพื่อหลีกเลี่ยงไม่ให้เครื่องนึ่งฆ่าเชื้อเสียหาย

